Untuk kelompok putri, Dzsenifer Marozsan dari klub Olympique Lyon terpilih sebagai pemain terbaik untuk kedua kalinya berturut-turut.
Kroos, yang meraih trofi Liga Champions bersama Real Madrid, meraih 185 suara dari para jurnalis olahraga dalam pemilihan tersebut.
Ia mengungguli pemain depan Freiburg Nils Petersen (39 suara) dan Naldo dari Schalke dengan 38 suara.
Kross pada pemmilihan tahun lalu berada di urutan kedua di bawah mantan rekannya dalam klub Bayern Munich Philipp Lahm.
"Penghargaan pemain terbaik adalah hadiah yang tidak mudah didapat, dan tidak semua orang mendapatkannya," kata Kroos dalam suatu pernyataannya.
Sementara itu Jupp Heynckes terpilih sebagai pelatih terbaik setelah membanwa Bayern Munich menjuarai Bundesliga Mei lalu sebelum pensiun.