Kemenangan itu sekaligus memastikan United berhasil melewati Grup H dan lolos ke fase 16 besar, kendati masih menyisakan satu pertandingan lagi untuk dijalani, demikian catatan laman resmi UEFA.
United, saat ini berada di peringkat kedua klasemen dengan koleksi 10 poin, sedangkan Young Boys (1) sudah dipastikan menjadi juru kunci.
United melenggang mendampingi Juventus (12) yang saat ini menjadi pemuncak klasemen, sedangkan Valencia (5) harus rela turun kasta ke babak 32 besar Liga Europa.
Tren buruk yang tengah menggelayut seolah membuat United akan menyudahi pertandingan kali ini dengan hasil imbang, yang tidak lepas dari penampilan gemilang kiper Young Boys, David von Ballmoos, menghalau sejumlah peluang tuan rumah.
Fellaini lantas mencetak gol penentu kemenangan United pada masa injury time, tepatnya menit 90+1. Berawal dari umpan silang Luke Shaw, bola disundul Romelu Lukaku untuk diumpankan kepada Fellaini yang berdiri cukup bebas untuk melakukan tusukan yang diakhiri sepakan mendatar.
Gol Fellaini sekaligus menghentikan catatan nirgol yang dialami United dalam dua laga kandang sebelumnya.
Tim tamu sebetulnya sempat mengancam gawang tuan rumah lewat sepakan Ulisses Garcia sempat membentur beberapa pemain United sebelum mengarah ke area tiang jauh, di mana kiper David de Gea melakukan lompatan demi sebuah penyelamatan penting pada menit 72.
Baca juga: Tak ada lagi gaya rambut kribo Fellaini
Baca juga: Gol Aguero bawa Manchester City ke 16 besar
Susunan pemain seturut laman resmi UEFA:
Manchester United (4-3-3)L David de Gea; Antonio Valencia (Juan Mata), Chris Smalling, Phil Jones, Luke Shaw; Marouane Fellaini, Nemanja Matic, Fred (Paul Pogba); Jesse Lingard (Romelu Lukaku), Marcus Rashford, Anthony Martial
Pelatih: Jose Mourinho
BSC Young Boys (4-1-4-1): David von Ballmoos; Kevin Mbabu, Mohamed Aly Camara, Steve von Bergen (Ulisses Garcia), Loris Benito; Sandro Lauper; Miralem Sulejmani (Christian Fassnacht), Djibril Sow, Michel Aebischer, Roger Assale; Jean Nsame (Moumi Ngamaleu)
Pelatih: Gerardo Seoane
Baca juga: Dwigol Tadic loloskan Ajax ke 16 besar Liga Champions
Baca juga: Kekalahan CSKA pastikan Madrid dan Roma ke 16 besar