Kemenangan itu mengantarkan Malmo berakhir di peringkat kedua dengan raihan sembilan poin, menggusur Besiktas (7) ke urutan ketiga, demikian catatan pertandingan laman resmi UEFA.
Malmo lolos ke babak 32 besar mendampingi jawara Grup I, KRC Genk (11), yang di pertandingan lain berpesta empat gol tanpa balas saat menjamu Sarpsborg (5).
Capaian tersebut membuat Malmo jadi klub Swedia pertama yang lolos ke babak gugur Liga Europa setelah terakhir kali dilakukan oleh Helsingborg pada 2007-2008 silam.
Gol semata wayang yang dicetak penyerang Marcus Antonsson menjadi penentu kemenangan bagi Malmo atas Besiktas yang sejak menit ke-65 harus bermain dengan 10 pemain setelah Ricardo Quaresma diganjar kartu merah oleh wasit Luca Banti.
Besiktas mendominasi penguasaan bola sebanyak 64 persen sepanjang babak pertama dan dua kali mengancam gawang Malmo pada 10 menit pertama lewat Mustafa Pektemek yang masih mudah dijinakkan kiper Johan Dahlin dan sepakan Necil Uysal masih membentur tiang gawang.
Sebaliknya, Malmo cukup sabar untuk mencuri kesempatan membangun serangan balasan, yang bahkan hampir membuat Domagoj Vida melakukan gol bunuh diri pada menit ke-29 saat di bawah tekanan Markus Rosenberg.
Tim tamu memulai babak kedua dengan lebih percaya diri saat tembakan Antonsson pada menit ke-48 memaksa kiper Loris Karius melakukan penyelamatan.
Namun tiga menit kemudian, Karius mati kutu ketika menghadapi tendangan Antonsson yang berhasil melewati kawalan dua pemain bertahan sebelum menyambut umpan jauh kiriman Rosenberg demi membawa Malmo unggul atas tuan rumah.
Di tengah upaya Besiktas mencetak gol balasan, Quaresma melakukan pelanggaran tak perlu saat menghantan tulang kering pemain pengganti Fransz Brorsson dalam perebutan bola liar. Tindakan itu segera disikapi tegas oleh wasit Banti yang mengeluarkan kartu merah langsung.
Ketimpangan jumlah pemain memberikan keuntungan bagi Malmo yang bisa bermain cukup tenang untuk menjaga keunggulan mereka hingga peluit tanda laga usai berbunyi.
Besiktas yang sebetulnya hanya membutuhkan hasil imbang untuk lolos, malah harus rela tersingkir dari Liga Europa karena menelan kekalahan di hadapan pendukungnya sendiri.
Baca juga: Genk jawara Grup I usai gasak Sarpsborg 4-0
Baca juga: Sevilla lolos ke 32 besar sebagai juara grup
Susunan pemain seturut laman resmi UEFA:
Besiktas (4-3-3): Loris Karius; Dorukhan Tokoz, Necip Uysal, Domagoj Vida, Adriano; Oguzhan Ozyakup (Gokhan Tore), Gary Medel, Adem Ljajic; Ricardo Quaresma, Vagner Love (Cyle Larin), Mustafa Pektemek (Fatih Aksoy)
Pelatih: Senol Guenes
Malmo FF (5-3-2): Johan Dahlin; Andreas Vindheim, Lasse Nielsen, Rasmus Bengtsson, Behrang Safari (Franz Brorsson), Soren Rieks (Eric Larsson); Oscar Lewicki, Fouad Bachirou, Arnor Traustason (Anders Christiansen); Markus Rosenberg, Marcus Antonsson
Pelatih: Uwe Roesler
Baca juga: Rapid Wina melaju dan singkirkan Rangers
Baca juga: Chelsea batal sapu bersih fase grup usai diimbangi Vidi 2-2
Pewarta: Gilang Galiartha