Jojo hanya perlu 45 menit untuk menumbangkan pebulutangkis peringkat 23 dunia itu di Musashino Forest Sport Plaza Tokyo, Sabtu.
Melalui kemenangan ini, Jojo pun menyamakan skor catatan pertemuan mereka menjadi 2-2.
Di final, atlet peringkat tujuh ini akan berhadapan dengan peringkat wahid dunia Kento Momota yang merupakan atlet tuan rumah.
Dalam tiga pertemuan yang sudah dihadapi kedua pemain, Momota unggul 2-1, namun Jonatan memenangi pertemuan terakhir mereka di Malaysia Open di bulan April.
Baca juga: Hari kedua Japan Open, empat wakil Indonesia susul ke babak kedua
Baca juga: Jojo melenggang ke babak dua Japan Open 2019