Insiden itu terjadi di tengah-tengah pertandingan babak pertama yang diawali dengan pelemparan suar atau flare berasal dari tribun suporter tuan rumah ke area yang berisikan pendukung Garuda.
Akan tetapi suar itu kemudian dilempar balik oleh kerumunan suporter Indonesia ke tribun para pendukung tuan rumah.
Insiden itu tidak sempat menganggu jalannya pertandingan dan pasukan keamanan segera bertindak mengantisipasi agar situasi tidak semakin memburuk.
Sejumlah pasukan anti huru hara bertameng diturunkan pada sisi masing-masing suporter untuk menjaga dan melerai antara kedua suporter.
Baca juga: Indonesia vs Malaysia, Garuda tertinggal 0-1 di babak pertama
Saat ini Malaysia tengah memegang keunggulan atas tamunya dengan skor tipis 1-0 berkat eksekusi tendangan bebas terarah Mohamad Safawi Rasyid pada menit ke-30.
Indonesia sempat memperoleh peluang emas untuk menyamakan kedudukan ketika gawang Malaysia ditinggalkan kipernya, sayang bola tembakan Greg Nwokolo masih mengenai kaki bek tuan rumah.
Pertandingan turut disaksikan oleh Ketua Umum PSSI, Iwan Bule, Exco PSSI Haruna Sumitro, pengamat komunikasi Effendi Gazali, mantan staf Kepresidenan Ali Mochtar Ngabalin dan sejumlah pejabat KBRI Kuala Lumpur.
Indonesia saat ini masih menghuni dasar klasemen Grup G dengan catatan nirpoin, di bawah Malaysia (6) yang berada di peringkat keempat.
Baca juga: Timnas Indonesia tanpa penyerang murni kontra Malaysia
Baca juga: Presiden FAM: Timnas Malaysia wajib kalahkan Indonesia
Baca juga: Indonesia versus Malaysia, Harimau Malaya pantas waspadai Garuda