Kemenangan ini membawa Dortmund mengemas 13 poin dari enam pertandingan di mana Lazio menempati urutan kedua dengan 10 poin setelah seri 2-2 melawan 10 pemain Club Brugge yang menduduki urutan ketiga.
Dortmund sudah menunjukkan hasratnya untuk unggul lebih dini dengan terus menekan tetapi tuan rumah justru yang menciptakan gol ketika bola membentur pemain sayap Argentina Sebastian Driussi untuk masuk ke gawang sendiri setelah penjaga gawang Marwin Hitz sudah mati langkah.
Baca juga: Dortmund lolos ke fase gugur, Brugge pelihara asa
Zenit sepertinya berhasil menggandakan keunggulan pada menit ke-17 tetapi gol dari Sardar Azmoun itu dianulir karena offside.
Dortmund nyaris menyamakan kedudukan ketika tendangan geledek Marco Reus melambung di atas mistar gawang.
Full back Lukasz Piszczek membawa Dortmund menyamakan kedudukan pada menit ke-68 setelah kemelut di muka gawang sebelum tendangan kaki kiri nan menggeledek Axel Witsel dari tepi kotak penalti membawa tim asuhan Lucien Favre berbalik unggul.
Tim Rusia ini berusaha mati-matian menyamakan kedudukan tetapi Dortmund bertahan rapat untuk mengamankan kemenangan.
Pertandingan ini juga mencatat sejarah ketika striker Dortmund berusia 16 tahun Youssoufa Moukoko menjadi pemain paling muda yang tampil dalam pertandingan Liga Champions ketika menggantikan Felix Passlack pada babak kedua.
Baca juga: Begini skenario perebutan sisa tiket babak gugur Liga Champions
Baca juga: Tuchel tidak mau pasukannya lengah sebelum amankan tiket fase gugur
Baca juga: Ronald Koeman klaim Barcelona alami perubahan besar sejak awal musim