Eibar, yang memulai laga sebagai penghuni satu posisi di atas zona degradasi, mengejutkan tim tuan rumah dengan membuka keunggulan pada menit ke-57 lewat striker Kike Garcia sebelum pemain pengganti Barca Ousmane Dembele menyamakan kedudukan sepuluh menit kemudian.
Messi harus kembali ke Barcelona dari Argentina pada Selasa namun hanya menyaksikan pertandingan itu dari pinggir lapangan karena dia masih harus memulihkan diri dari masalah pergelangan kaki.
Meski Barca bermain cukup bagus tanpa Messi, namun mereka kehilangan ketajaman lini depan yang biasa ia motori.
Baca juga: Barcelona istirahatkan Lionel Messi lawan Eibar
Braithwaite gagal mengeksekusi penalti dari titik putih di babak pertama dan kemudian mendapati golnya dianulir VAR karena offside
Pemain Denmark itu juga melewatkan kesempatan untuk mengunci kemenangan dari jarak dekat ketika bola memantul dari dadanya saat rebound dan melebar.
Hasil imbang itu membuat Barca kehilangan sembilan dari 27 poin yang tersedia di kandang musim ini dan menempatkan mereka ke peringkat enam klasemen dengan koleksi 25 poin setelah 15 pertandingan.
Sedangkan Atletico Madrid unggul tujuh poin di puncak meski baru bermain 13 kali.
Barca membungkam Real Valladolid 3-0 di pertandingan terakhir mereka sebelum jeda libur Natal, bahkan tanpa Messi, mereka tampil cemerlang di awal laga pada Selasa, meraih hadiah penalti setelah VAR mengesahkan pelanggaran terhadap Araujo.
Braithwaite menjadi algojo namun tembakannya melebar, menyianyiakan peluang keunggulan di babak pertama.
Baca juga: Messi ragu dengan masa depannya di Barcelona, mulai lirik MLS
Baca juga: Setelah pensiun, Messi lebih pilih jadi direktur dibandingkan pelatih
Tim Catalan itu terus membuang kesempatan setelah jeda ketika Dembele dari jarak dekat ditahan kiper Eibar Marko Dmitrovic dan Frenkie de Jong gagal menembak dengan kencang ketika melihat celah ke gawang.
Meski terlihat mengendalikan permainan, Barca tertinggal karena pecah konsentrasi ketika Garcia mencuri bola dari bek Uruguay Araujo dan langsung melesat ke gawang mengalahkan kiper Marc-Andre Ter Stegen untuk membuat gol pertama di laga itu.
Araujo mengakui kesalahannya. "Itu suatu kesalahan dari saya, satu yang seharusnya tidak saya perbuat," kata dia seperti dikutip Reuters.
"Hari ini adalah kesalahan pribadi saya. Saya cukup dewasa untuk tahu seberapa besar tanggung jawab bermain untuk Barcelona," kata pemain berusia 21 tahun itu.
"Sayang bagi kami tidak bisa meraih tiga poin yang kami butuhkan dan inginkan itu."
Baca juga: Sevilla menang 2-0 untuk akhiri catatan tak terkalahkan Villarreal
Baca juga: Hazard siap kembali perkuat Real Madrid kala bertandang ke Elche
Baca juga: Atletico Madrid resmi putus kontrak dengan Diego Costa