Santos kalah 2-0 di kandang dari rival berat mereka Corinthians di kompetisi Serie A Brazil pada Minggu. Kekalahan itu merupakan yang ketiga kalinya secara berturut-turut.
Holan mengatakan "hasil kerjanya tidak terlihat dan yang terbaik adalah segera pergi," kata presiden Santos Andres Rueda sebagaimana dilansir Reuters.
Baca juga: Palmeiras juara Piala Libertadores seusai taklukkan Santos di final
Holan, 60, menandatangani kontrak berdurasi tiga tahun pada Februari untuk memimpin tim muda yang semakin melemah setelah penjualan pemain sayap kunci Yeferson Soteldo ke Toronto FC pada akhir pekan lalu.
Holan sebelumnya menikmati kesuksesan bersama klub Independiente di Argentina dan Universidad Catolica di Chile.
Dia menjadi manajer Santos kedua yang meninggalkan klub tahun ini setelah pelatih asal Brazil Cuca hengkang pada Februari silam.
Baca juga: Santos dan Robinho berpisah di tengah tekanan kasus pemerkosaan
Baca juga: Klub papan atas Brazil tawarkan stadion untuk rumah sakit lapangan