Vieira sebelumnya dibebastugaskan oleh Benfica pada Jumat sebelum belakangan Rui Costa dipercaya untuk naik jabatan dari wakil presiden klub.
"Keputusan ini mendapat dukungan penuh dari semua anggota dewan direksi Benfica," demikian pernyataan klub yang dilansir Reuters, Sabtu dini hari WIB.
Vieira, yang terpilih kembali pada Oktober tahun lalu, ditangkap pihak berwajib pada Rabu (7/7) untuk diperiksa terkait kesepakatan senilai lebih dari 100 juta euro (sekira Rp1,7 triliun) yang berpotensi menimbulkan kerugian besar terhadap negara dan sejumlah perusahaan.
Baca juga: Presiden Benfica ditangkap atas kasus penggelapan pajak
Baca juga: Presiden UEFA tidak akan lagi dukung Euro digelar pan-kontinental
Rui Costa pensiun sebagai pemain selepas Euro 2004 dan menghabiskan sebagian besar kariernya di Benfica serta dua tim Italia, yakni Fiorentina dan AC Milan.
Pembebastugasan Vieira dari jabatan presiden klub dan perusahaan induknya, Benfica SAD, berlaku segera tetapi pengacara pria berusia 74 tahun itu, Manuel Magalhaes e Silva, menyatakan kliennya bukan mengundurkan diri.
"Ini masih pembebastugasan, bukan pengunduran diri," kata Magalhaes e Silva.
Vieira dijadwalkan menghadiri persidangan pada Jumat waktu setempat.
Baca juga: Lupakan Euro 2020, Brazil v Argentina "big match" akhir pekan ini
Baca juga: Agnelli masih hormati Ceferin, siap diajak diskusi Liga Super Eropa