Arsenal mengatakan bahwa kapten berusia 29 tahun tersebut mengalami "cedera signifikan" pada ligamen lutut medialnya.
Xhaka harus ditarik keluar setelah bermain selama 82 menit dalam pertandingan tersebut di Emirates Stadium.
"Konsultasi dengan seorang spesialis berlangsung pada Selasa malam (28/9) yang telah menentukan bahwa Granit tidak memerlukan operasi," tulis The Gunners dalam sebuah pernyataan yang dikutip Reuters.
Baca juga: Granti Xhaka dinyatakan positif COVID-19 ketika bersama Timnas Swiss
Xhaka telah empat kali menjadi starter dalam enam pertandingan Liga Premier Inggris Arsenal musim ini, dengan melewatkan dua laga karena menjalankan skorsing menyusul kartu merah yang diterimanya melawan Manchester City pada 28 Agustus.
Dia bermain untuk Arsenal dalam pertandingan derbi London Utara melawan Spurs, tetapi dijegal oleh penyerang Tottenham Lucas Moura di akhir pertandingan dan harus tertatih-tatih saat keluar lapangan.
"Program pemulihan dan rehabilitasi Granit akan segera dimulai dan kami menargetkan dia akan kembali beraksi dalam waktu sekitar tiga bulan," tambah Arsenal.
"Semua orang di klub sekarang akan mendukung dan bekerja keras dengan Granit untuk membawanya kembali ke lapangan sesegera mungkin."
Baca juga: Mikel Arteta pastikan Granit Xhaka bertahan di Arsenal
Baca juga: Kebangkitan Arsenal berlanjut dengan rontokkan Spurs 3-1
Baca juga: Eks Arsenal dan Man City, Samir Nasri resmi pensiun di usia 34 tahun