Hukuman itu dijatuhkan kepada Alaphilippe akibat ia mengambil botol minum saat balap tinggal menyisakan 17 kilometer dari garis finis. Peraturan menyatakan bahwa hal itu termasuk illegal feeding.
Selama beberapa saat, ia sempat dinyatakan tetap memuncaki klasemen, sebelum panitia meralat keputusan semula.
Baca juga: Wout van Aert menangi etape lima Tour de France
Posisi pemuncak klasemen kini dikuasai oleh pebalap Mitchelton-Scott Adam Yates dengan catatan waktu 22 jam 28 menit 30 detik.
Akibat penalti tersebut, Alaphilippe kini turun ke peringkat ke-16. Sedangkan Romain Bardet naik satu posisi untuk melengkapi urutan sepuluh besar.
Kaus hijau sebagai penanda raja tanjakan pada etape keempat kali ini jatuh kepada pebalap Deceuninck-Quick-Step Sam Bennett dengan koleksi 123 poin.
Sedangkan Benoit Cosnefroy masih belum melepaskan genggamannya terhadap kaus polkadot. Ia kembali merebut status raja sprint di etape kelima dengan 23 poin.
Kaus putih sebagai penanda pebalap di bawah 25 tahun terbaik juga masih belum dilepaskan oleh Tadej Pogacar.
Baca juga: Klasemen sementara Tour de France setelah etape empat
Klasemen umum:
1. Adam Yates Mitchelton-Scott 22:28:30
2. Primoz Roglic Team JUMBO-VISMA 22:28:33
3. Tadej Pogacar UEA Team Emirates 22:28:37
4. Guillaume Martin COFIDIS 22:28:39
5. Egan Bernal INEOS GRENADIERS 22:28 43
6. Tom Domoulin Team JUMBO - VISMA 22:28:43
7. Nairo Quintana Team ARKEA - SAMSIC 22:28:43
8. Esteban Chaves Mitchelton-Scott 22:28:43
9. Miguel Angel Lopez ASTANA Pro Team 22:28:43
10. Romain Bardet AG2R La Mondiale 22:28:43
Baca juga: Ewan menangi etape tiga TdF setelah menggebrak dari belakang
Baca juga: Alaphilippe menangi etape dua TdF sekaligus rebut kaus kuning
Baca juga: Kristoff menangi etape pembuka Tour de France kala para rival tumbang