Gnabry melepaskan tendangan geledek yang tak bisa dihentikan kiper Cologne Timo Horn pada menit ke-71 untuk menciptakan gol penentu kemenangan setelah kedua tim bermain seri 2-2 sampai menit itu.
Sebelum gol kedua Gnabry itu, tim tamu berhasil menyamakan kedudukan 2-2 berkat dua gol ciptaan Anthony Modeste dan Mark Uth.
Laga dibuka dengan hening sejenak untuk mengenang legenda Bayern Gerd Mueller yang meninggal dunia dalam usia 75 pekan lalu.
Lewandowski kemudian menghidupkan suasana duka menjadi kegembiraan lewat golnya lima menit setelah turun minum setelah memanfaatkan umpan Jamal Musiala.
Baca juga: Leverkusen tampil klinis saat cukur habis Gladbach 4-0
Baca juga: Manuel Akanji sesalkan dua kesalahan Dortmund saat dibekuk Freiburg
Gnabry menggandakan keunggulan melalui sepakan kaki samping yang meneruskan umpan silang rendah dari Thomas Mueller.
Namun Modeste memperkecil kedudukan pada menit ke-60 sebelum Uth menuntaskan sebuah assist dengan indah guna menyamakan kedudukan dua menit kemudian.
Sebelumnya, 10 pemain Union Berlin bermain imbang 2-2 melawan Hoffenheim di mana Taiwo Awoniyi menyamakan kedudukan pada babak kedua setelah rekan setimnya Niko Giesselmann mencetak gol pembuka pada menit ke-10.
Pemain Hoffenheim Kevin Akpoguma menyamakan kedudukan menjadi 1-1 pada menit ke-14 dan berbalik unggul lewat gol Jacob Bruun Larsen.
Pertandingan berubah sengit menjelang akhir sampai membuat bek Berlin Marvin Friedrich diusir keluar lapangan pada menit tambahan karena menjatuhkan Sargis Adamyan di luar kotak untuk mendapatkan kartu kuning keduanya, demikian laporan Reuters.
Baca juga: Awoniyi selamatkan Union Berlin dari kekalahan melawan Hoffenheim
Baca juga: Leipzig petik kemenangan perdana era Jesse Marsch, lumat Stuttgart 4-0
Baca juga: Direktur Monchengladbach akui berat jual Marcus Thuram