Bayern tampil sangat dominan dengan 63 persen penguasaan bola sepanjang laga yang berusaha mereka konversi lewat 29 percobaan tembakan, tetapi hanya 11 yang menemui sasaran dan dua jadi gol.
Gol pertama lahir pada menit ke-30 saat para pemain Freiburg kehilangan bola di dekat kotak penalti mereka sendiri dan Thomas Mueller meneruskannya kepada Leon Goretzka yang tenang menaklukkan kiper Mark Flekken untuk membuka keunggulan tuan rumah.
Lantas Robert Lewandowski mencetak gol kedua Bayern pada menit ke-75 di mana ia berdiri bebas di area tiang jauh untuk menyambut bola sontekan Leroy Sane yang meneruskan umpan tarik kiriman Alphonso Davies.
Tambahan satu gol itu membuat Lewandowksi semakin memantapkan posisinya di pucuk daftar top skor sementara Liga Jerman dengan koleksi 13 gol.
Goretzka sebelumnya nyaris mencetak gol keduanya pada menit ke-56 memanfaatkan umpan silang Mueller, tetapi kali ini penyelesaiannya membentur tiang gawang.
Pada menit pertama injury time, Corentin Tolisso sukses mengecoh Flekken dengan tembakan lob dan membuat bola bersarang ke gawang Freiburg, tetapi gol itu dianulir karena offside.
Dua menit sesudahnya, Freiburg malah mencetak gol balasan melalui penyelesaian akurat Janik Haberer yang tak memberi kesempatan kiper Manuel Neuer untuk bereaksi.
Namun, sisa waktu terlalu singkat bagi Freiburg untuk memperoleh gol kedua mereka dan menghindari kekalahan pertama musim ini. Bayern tetap meraih kemenangan 2-1 saat peluit tanda laga usai berbunyi.
Bayern memantapkan posisi mereka di puncak klasemen dengan raihan 28 poin, unggul empat poin atas Borussia Dortmund (24) yang baru main di laga lebih larut.
Sedangkan Freiburg tak beranjak dari posisi ketiga dengan koleksi 22 poin, demikian catatan laman resmi Liga Jerman.
Selepas jeda internasional, Bayern akan bertandang ke WWK Arena menghadapi FC Augsburg pada 19 November dan dua hari kemudian Freiburg menjamu Eintracht Frankfurt di Europa Park.