Jerman yang selanjutnya menghadapi Belanda di Amsterdam Selasa pekan depan, kehilangan sejumlah pemain termasuk Joshua Kimmich dan Serge Gnabry. Mereka mengawali laga ini dengan telat panas.
Jerman sedikit kesulitan menembus kotak penalti lawan karena kesulitan saat mengirimkan umpan akhir.
Peluang bagus pertama tuan rumah Jerman terjadi pada menit ke-30 ketika kiper Israel Ofir Marciano membuang bola tendangan mendatar dari Havertz.
Marciano kembali mementahkan peluang gelandang serang Jerman itu pada menit ke-36, memblok upaya jarak dekatnya, tetapi sang kiper akhirnya ditaklukkan oleh sundulan Havertz yang memanfaatkan tendangan sudut.
Jerman memasuki jeda dengan unggul dua gol ketika rekan satu tim Havertz di Chelsea, Werner, membelokkan tendangan bebas Ilkay Gundogan pada perpanjangan waktu babak pertama.
Thomas Mueller gagal mencetak gol dari tendangan penalti pada menit ke-89 karena bola membentur mistar gawang.
Israel sendiri kehilangan kesempatan memangkas ketertinggalan ketika Kevin Trapp menyelamatkan tendangan titik penalti Yonathan Cohen.
Flick yang melatih sejak selesai Piala Eropa tahun lalu, melanjutkan start kemenangannya. Mereka fokus mencapai penampilan puncak dalam Piala Dunia Qatar pada November.