Pemain tengah Manchester United berusia 23 tahun itu mengalahkan rekannya dari Jepang Yuto Nagatomo dari Inter Milan serta penjaga gawang veteran dari Australia Mark Schwarzer dari Fulham.
Acara penghargaan itu akan diadakan di Kuala Lumpur.
Kagawa memperagakan permainan mengesankan pada awal tahun ketika Borussia Dortmund meraih gelar juara liga, sebelum ia pindah ke Inggris dan mengawali permainannya dengan lamban karena cedera.
Pemain sayap Korea Selatan Lee Keun-ho pernah lama sebagai pemain terbaik AFC setelah bermain bagus dan menolong Ulsan Hyundai memenangi kompetisi Liga Champions Asia bulan ini.
Lee mengalahkan pemain tengah Iran Ali Karimi dan pemain bertahan China Zheng Zhi ketika menjadi pemain Korea pertama yang memenangi penghargaan itu ketika bermain di Asia.
Pada penghargaan lainnya yang diadakan AFC, Rogerinho dari Brazil - terpilih sebagai pemain asing terbaik tahun ini.