Gudang senjata itu selama ini diperuntukkan bagi Komando Pasukan Katak TNI AL kawasan barat. Satuan pasukan elit TNI AL ini memiliki kemampuan setara dengan satuan elit sejenis di dunia, di antaranya Navy SEAL dari Amerika Serikat.

Komando Pasukan Katak TNI AL berdiri pada 1962 sejalan pengumandangan Komando Trikora dari Presiden Soekarno untuk merebut kembali Irian Barat dari kekuasaan Belanda. Dalam perjalanan sejarahnya, satuan pasukan elit dengan kemampuan trimatra dan peledakan/sabotase bawah laut ini terdiri dari dua grup, yaitu untuk kawasan barat dan kawasan timur, di Dermaga Ujung, Komando Armada Indonesia Kawasan Timur TNI AL.

Mengapa Komando Pasukan Katak TNI AL untuk kawasan barat ini bermarkas di Pondok Dayung? Tidak lepas dari peran sejarah eksistensi Angkatan Laut Belanda pada masa penjajahan mereka di Indonesia. Pondok Dayung merupakan "pulau" kecil yang strategis letaknya.

Dilihat dari udara, dia "memagari" jalur pelayaran utama dari Pelabuhan Tanjungpriok, terutama jalur pelayaran (kini) ke Medan, Makassar, dan Surabaya; tiga kota maritim pokok Indonesia selain Jakarta. Untuk bisa ke Pondok Dayung, pengunjung harus melewati Pintu I, III, atau Pintu IX pelabuhan terbesar itu.

Dari Jalan Pelni, pengunjung bisa mengarah ke kiri dan akan sampai di "terminal" penyeberangan menuju Pondok Dayung. Pulau kecil itu bisa jelas dilihat memakai mata telanjang karena jaraknya sekitar 200 meter saja, dipisahkan jalur pelayaran penting yang juga menjadi lokasi galangan kapal di sisi baratnya.

Untuk menginjakkan kaki ke Pondok Dayung di mana Komando Pasukan Katak TNI AL kawasan barat bermarkas, tidak bisa tidak, harus memakai kapal penyeberangan selama sekitar 15 menit saja. Di dermaga penyeberangan inilah aktivitas pekerjaan personel militer dan sipil terkait terjadi.

Pekerja sipil yang dipekerjakan untuk berbagai aktivitas perawatan dan pemeliharaan bangunan dan fasilitas lain juga berangkat dan pulang kerja dari dermaga itu. Ada juga fasilitas pemeliharaan dan perawatan TNI AL di Pondok Dayung itu.

Begitu sampai, pos dan gerbang penjagaan Komando Pasukan Katak TNI AL kawasan barat itu akan "menyambut" pengunjung. Perlu ijin khusus untuk bisa bertamu ke sana bagi kalangan sipil, dan mereka harus menunjukkan identitas jelas pun keperluannya.

Mengarah ke utara pulau itu, terdapat sejenis suar kecil dan sampai di situ saja kalangan sipil bisa melihat-lihat secara bebas, karena kompleks militer berbangunan warisan penjajahan Belanda yang masih sangat terawat itu sangat dijaga keamanannya.

Gudang senjata itu sendiri tidak pernah diungkap secara sejas keberadaannya kepada umum. Begitupun jenis, tipe, dan jumlah persenjaraan dan amunisi yang disimpan di dalamnya. Yang jelas, personel Komando Pasukan Katak TNI AL memiliki kemampuan renang tempur, peledakan bawah air, penjinakan peledak bawah air, hingga sabotase bawah air.

Misalnya, mereka harus mampu memasang ranjau laut langsung ke titik yang ditentukan di badan kapal sasaran. Mereka juga harus mampu bertempur di bawah air dan mengoperasikan alat transportasi bawah air bermesin.

Sumber di TNI AL menyatakan, pola rekrutmen dan latihan mereka tidak lazim diketahui umum. "Yang jelas, mereka harus mampu mengoperasikan berbagai jenis senjata, misalnya Heckler & Koch MP5K dan punya kemampuan intelijen," kata sumber itu.

Latihan meledakkan bahan peledak hasil "racikan" ataupun paket pabrikan, kerap mereka lakukan di lokasi yang telah ditentukan; baik di atas permukaan laut ataupun bawah permukaan laut. Beberapa jenis bahan peledak yang lazim dipergunakan adalah TNT dan C4 serupa pasta.