Autosport sebelumnya melaporkan Yamaha berada di bawah investigasi steward balapan karena diduga melanggar peraturan homologasi dengan mesin yang mereka gunakan di seri pembuka Grand Prix Spanyol.
"Karena pengawasan internal, Yamaha Motor Company gagal mematuhi protokol yang mengharuskan mereka memperoleh persetujuan dengan suara bulat dari MSMA untuk perubahan teknis," demikian FIM.
Baca juga: Quartararo raih kemenangan perdana di MotoGP setelah taklukan Jerez
Baca juga: Quartararo juarai GP Andalusia, Yamaha sapu bersih podium
Untuk alasan tersebut, poin yang mereka dapatkan dari dua kemenangan Fabio Quartararo di Jerez dicabut.
Sementara itu tim pabrikan Monster Energy Yamaha mendapat pengurangan 20 poin sedangkan tim Petronas Yamaha SRT dikurangi 37 poin.
Penalti itu membuat posisi Yamaha melorot ke peringkat tiga klasemen konstruktor dengan 158 poin di belakang pemuncak baru, Ducati (171) dan Suzuki (163).
Namun demikian pengurangan poin tidak dikenakan terhadap para pebalap Yamaha, dengan Fabio Quartararo, Maverick Vinales, dan Franco Morbidelli berada dalam rentang 25 poin dari pemuncak klasemen sementara Joan Mir.
Baca juga: Morbidelli berambisi kejar titel juara MotoGP di tiga seri pemungkas
Baca juga: Mir semakin rasakan tekanan jelang tiga seri pemungkas MotoGP
Klasemen konstruktor
Ducati - 171
Suzuki - 163
Yamaha - 158
KTM - 143
Honda - 117
Aprilia - 36
Klasemen tim
Team Suzuki Ecstar - 242
Petronas Yamaha SRT - 198
Ducati Team - 180
Red Bull KTM Factory Racing - 157
Monster Energy Yamaha MotoGP - 156
Pramac Racing - 128
Baca juga: Rossi kembali positif COVID-19, Yamaha siagakan pebalap pengganti
Baca juga: Lecuona bakal lewatkan MotoGP Eropa karena jalani karantina
Baca juga: Tiga balapan tersisa, siapa juara MotoGP 2020?