Pelatih asal Spanyol tersebut telah "menganggur" sejak dipecat oleh Arsenal pada November tahun lalu.
Mantan pelatih Villarreal Javier Calleja mundur dari klub Spanyol tersebut pekan lalu setelah memimpin mereka untuk finis kelima di La Liga, memastikan mereka mendapatkan tempat di Liga Europa musim depan.
Baca juga: Unai Emery bakal latih Villareal, ironi untuk Javi Calleja
Unai Emery menggantikan Arsene Wenger sebagai pelatih Arsenal pada Mei 2018 dan memimpin klub London tersebut ke final Liga Europa dan finis posisi kelima di Liga Premier Inggris.
Sebelumnya Emery pernah menangani Paris Saint-Germain, Sevilla dan Spartak Moscow serta melatih klub rival lokal Villarreal, Valencia dari 2008 hingga 2012.
Bersama Sevilla, Emery berhasil mempersembahkan tiga gelar Liga Europa berturut-turut dari 2014 sampai 2016.